Le détective Lycéen Shinichi Kudo ainsi que son ami d'enfance Ran Mouri et le père de cette dernière, Kogoro Mouri, se réveillent dans une salle blanche sans porte ni fenêtre avec pour seul indice une lettre : "Cher Shinichi-sama. Je suis l'un de vos plus grand fans. J'ai suivi toutes vos enquêtes. Vous êtes un grand détective. Cette salle blanche est votre cadeau. Amusez vous bien."
Au centre de la salle trône un ordinateur indiquant une date : 2010.06.24. Shinichi commence alors à se remémorer certains évènements...
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