L'histoire se déroule dans un monde où les personnes aux pouvoirs surnaturels appelés Esper cohabitent en paix avec les personnes sans pouvoir. Tohma kamijiyo, etudiant d'une ville universitaire de plusieurs millions d'etudiants est un Esper de catégorie 0, la plus basse. Toutefois ses facultés ne sont pas banales car il s'agit de l'annulation pure et simple de toutes les formes de magie possibles.
Il fera la racontre d'Index, une nonne, un jour comme un autre sur le balcon de son appartement. Poursuivie par une organisation de mages, la Kabale, Index confiera à Tohma les raisons de cette traque. Index, qui a des facultés de mémoire importantes, aurait servie l'église comme le réceptacle de 103.000 grimoires de magies dont certains contiendraient des sorts extrémement destructeurs.
Tohma se portera en protecteur d'Index face à ses agresseurs, et fera en sorte d'en apprendre plus sur les mystères qui entourent Index et les véritables raisons de l'église d'Angleterre. Un conflit grandissant apparait...
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