Depuis que Nagisa, Chieri, Yuuka et Orine ont intégré la 77e génération de doublures d'AKB0048, leurs autres camarades et elles ont pour espoir d'être un jour promues et ainsi devenir successeurs.
Néanmoins, les filles de cette génération, ainsi que Kanata et Mimori de la 75e, ont su prouver lors de leur concert sur Lancastar qu'un mystérieux pouvoir planait autour d'elles. Ainsi, le poste de Center Nova, abandonné depuis l'énigmatique disparition de la dernière Acchan, va revenir sur le devant de la scène et l'une des doublures devra devenir la 14e Acchan du groupe. Toutefois, l'Alliance Super Galactique et sa brigade anti-divertissement continuent de traquer les idoles...
Suite directe d'AKB0048, le premier épisode de cette seconde saison est l'équivalent du 14e épisode de la série et ainsi de suite.
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