20 ans avant le commencement de l'histoire, une météorite se dirigeant vers la Terre détruisit Pluton.
Pluton détruite, la météorite, qui se nomme Thanatos, est restée temporairement stagnante.
Pour éviter une imminente destruction de la Terre, l'ISDA travaille actuellement sur le "Projet-D" et a secrètement créé une arme, le "Dragonaut", après avoir trouvé un œuf de "dragon" dans l'océan. Cependant, ils se sont aperçus que la météorite n'était
pas la seule menace, car de puissants dragons venant de Thanatos arrivent sur la Terre.
Après avoir été temoin d'un meurtre d'une de ces créatures, Jin Kamishina, un garçon solitaire de 18 ans ayant perdu sa famille dans un accident de navette spatiale il y a deux ans, est impliqué dans le mystère de ces dragons. Il est ainsi choisi pour devenir un pilote de Dragonaut.
L'aidant dans son périple, Toa, une fille mystérieuse qui l'a sauvé d'une chute mortelle après avoir été attaqué par la créature. Au fur et à mesure qu'ils avancent sur le mystère des dragons, ils rencontrent de nouveaux amis et de nouveaux ennemis en développant une relation très proche.
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