Dans un futur lointain, les humains ont acquis un stade d'existence supérieur. Ils sont cependant contraints de retourner vivre sur la Terre, devenue hostile. Seule une portion de territoire appelée Extrême-Orient reste habitable. Pour pallier le manque de place, ils créent des plans parallèles afin d'héberger tout le monde. Dans le but d'atteindre le paradis, et grâce à un ouvrage intitulé Testament, ils décident de reproduire l'histoire de l'humanité à partir de 10000 avant Jesus-Christ. Mais en 1413 de l'ère Testament, une guerre provoque l'effondrement des mondes parallèles. Les habitants de ces plans se mettent donc à envahir la Terre, entraînant une scission du territoire. Depuis, les humains vivent regroupés à bord de flottes de vaisseaux-cités représentant les différentes nations. En 1648, alors qu'une paix précaire semble s'être installée, une rumeur selon laquelle l'Apocalypse serait proche se répand, alors qu'aucune mention n'y figure dans le Testament. C'est alors qu'à Musashi, où les décisions politiques et militaires sont prises par les étudiants, le chancelier de l'académie Ariadust, Tôri Aoi, décide de passer à l'action.
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