Sakurasou no Pet na Kanojo nous racontera l'histoire de Sorata Kanda; un lycéen en deuxième année qui vit dans un dortoir plutôt bruyant puisqu'il est peuplé d'étudiants à problème de l'école Sorata, ce lieu s'appelle Sakurasou.
Tout se passe pour le mieux pour lui malgré l'atmosphère peu rassurante dans laquelle il vit jusqu'au jour où une nouvelle étudiante, Mashiro Shiina va faire son entrée au dortoir mixte.
Cette fille est mignonne, tête en l'air, bordélique, mais une brillante artiste, Sorata flashe directement pour elle et décide de devenir son protecteur. Il se rendra vite compte que cette fille est incapable de vivre par elle même, Mashiro est alors désigner comme le maître de Sorata....
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