Shaman King Flowers prend place 13ans après le Shaman Fight. Le héros est Hana Asakura, fils de Yoh et Anna Asakura.
Hana a grandi et est devenu un enfant brutal et paresseux. Il n 'est pas intéressé par ses études, il sèche les cours, il se bat avec les gangs et il trouve sa vie actuelle dénuée d'intérêt.
Tout ça change le jour ou Luka et Yohane Asakura, membres de la branche parallèle de la famille, arrivent pour combattre et tuer Hana et son père Yoh pour prendre leur place dans la famille principale.
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