Le futur dans lequel le virus de mort est censé détruire l'humanité est en cours. Dans le but d'éviter cette destinée aux humains, Raito reçoit l'ordre de retourner dans le passé. Sa mission : s'assurer que Tanaka Yû, un lycéen de première année, fasse des enfants avec son amie d'enfance, Takane Kyôko ! Mais la tâche ne sera pas aussi simple, le destin ne semble pas être du même avis...
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