L'histoire se situe au Japon, pays en proie à des attaques de... Monstres géants (des sortes de Godzilla). Heureusement, ce pays a son héros national : UFO-Man ! Ce dernier est toujours là quand il faut. Mais là, il débarque mal : lors de son arrivée aérienne, il écrase malencontreusement trois lycéennes. Elles décèdent immédiatement. UFO-Man leur propose alors un pacte : il leur redonne la vie si elles acceptent de faire ce qu'il leur demande.
Les trois jeunes filles ne se doutent pas un instant qu'elles vont devoir combattre les monstres à sa place en héritant de ses pouvoirs, pour finalement devenir chacune une Ultimate Girl !
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