En 2006, l’humanité doit faire face à un virus mortel appelé Algernon, dont on ignore totalement l’origine. À la pointe du combat contre ce fléau, l’énigmatique groupe Akamatsu Industries , qui possède une immense usine dans le centre de Tokyo, développe secrètement des armes à induction neuronales, les Awakeners ou NeuroNoids.
Reste à savoir si les efforts combinés de cette organisation secrète et du mystérieux Betterman seront suffisants pour sauver Tokyo ?
Par ailleurs, avec Hinoki, son amie d’enfance, Keita a rejoint la lutte contre l’Algernon en tant que chef du Kakuseijin N°. 1, un mécha de combat. Les dangers abondent autour de l’équipe Akamatsu dans leur traque du virus, même si Betterman, qui suit de près l’évolution de leurs recherches, vient à leur secours à maintes reprises. Mais il cache de nombreux secrets que les membres de l’équipe Akamatsu devront découvrir au péril de leur vie. Alors que Keita et les autres avancent pour trouver un moyen de mettre un terme à l’Algeron, en particulier grâce à la découverte de l’Animus Flower, ils sont confrontés à plus de doutes que de réponses. Attaqués et cernés de toute part, Keita et Hinoki poursuivent malgré tout leur quête afin de découvrir l’origine de l’Algeron. Cependant, ils sont confrontés à de plus en plus d’ennemis et un nouveau pouvoir fait son apparition qui pourrait bien marquer le glas de toute l’humanité.
Après d’incroyables aventures, l’équipe Akamatsu parvient finalement à découvrir la source de l’Algernon...