Ceci est la saison 2 de Hyakka Ryouran: Samurai Girls
L'histoire se déroule au début du 21e siècle, dans ce monde parallèle ou le shogunat Tokugawa n'a jamais perdu sa puissance et le Japon est isolé du le reste du monde.
Le 25 ème shogun assume le rôle de leader au Japon depuis 20 ans, et le conseil étudiant applique la suppression des éléments rebelles dans une gigantesque académie pour les enfants des familles de militaires au pied du mont Fuji.
(La plupart des étudiants portent les noms de personnages historiques célèbres.)