Dans un monde fantastique et moyen-moyenâgeux, le Japon est composé d'une multitude de nations. Entre elles règnent des guerres sans merci. Une organisation se dit à l'œuvre pour les stopper, elle se nomme Onmyou. Sa technique est simple : abattre les empereurs de chaque nation grâce à des « destructeurs ». Shion est l'un d'entre eux. Ce garçon de 13 ans sait utiliser la magie et peut tuer sans pitié au nom de la cause qu'il défend jusqu'au jour où il doit assassiner l'impératrice Iyo du pays de Yama. Sa rencontre avec elle et les révélations qu'il va apprendre sur son passé vont le faire changer d'avis. Tous deux vont devoir combattre Onmyou décidé à les éliminer coûte que coûte...